Since @babel/polyfill was deprecated in 7.4.0, we recommend directly adding core-js and setting the version via the corejs option.
git status, то увидите все отличия, которые вы сделали на боевом сервере. Коммитите изменения, обновляете исходники до свежего коммита и подменяете папки. После этого вам нужно будет только делать git pull после обновления проекта на битбакете.
git add не говорит гиту отслеживать файл, это только указание на то, что изменения в данном файле нужно будет включить в следующий коммит (т.е. это подготовительная операция). Кстати, подготовить для коммита можно не весь файл, а только некоторые изменения, сделанные в нем (а все остальное, например, в будущий коммит). Эта область ("зона") называется stage (не путать со stash) и в нее помещаются не файлы, а конкретные изменения из файлов.
Главное уловить общую суть работы:
Кодим->Выбираем правки->Коммитим1->Выбираем правки->Коммитим2 (т.о. из того что мы накодили получилось два коммита).