Как научиться? Первые пару раз поставить по инструкциям из гугла. Даже если не все шаги будут понятны. Гуглить возникающие проблемы, они, в основном, у всех одинаковые. Потом читать комментарии внутри конфигурационных файлов, постепенно станет понятно, за что отвечают большинство опций в конфигах. Единственное, что — проверяйте, чтобы были закрыты индексы и не видны .htaccess файлы извне, чтобы по незнанию не напортачить с безопасностью.
Часть параметров в конфигах nginx, apache, mysql правятся под ваши потребности и под параметры сервера, вы поймёте, когда их нужно будет подкрутить(напр., MaxClients в aпаче, размеры кешей mysql).
А, и в админ. панели убирайте сразу дефолтный логин/пароль, не надейтесь, что никому нет дела и не будут ломать.
