Плюсы раздельных репозиториев:
- Раздельный деплой. Фронты могут релизиться отдельно от бэкендеров. По факту правда на практике все равно им приходится согласовываться и релизиться разом, потому что почти всегда одни зависят от других.
- Возможность издеваться над бэкендом: переписывать на другой язык, дробить на микросервисы и т.п. - и это никак не отразится на репозитории с кодом фронтенда.
- Разделение команд. Фронтендеры не трогают (могут и не иметь доступ) код бэкендеров
Минусов лично я не вижу