Настройки системы и список необходимых программ - дело сугубо индивидуальное. Но можно порекомендовать несколько общих подходов для Windows.
1. Плагины в браузерах прекрасно синхронизируются при использовании учётной записи. При свежей установки, например Хрома, после захода своим аккаунтом автоматически устанавливаются все расширения. Конечно, если установлены галки в настройках синхронизации учётной записи браузера
2. В винде есть так называемый портабельный софт, т.е. программы (или их модифицированные версии), которые не требуют установки. Есть оболочки для удобной организации таких программ, например
Portable Apps. Вообще то, такой софт придуман для переноса между системами (типа на флешке или внешнем диске), но ничего не мешает установить их не на системный диск и использовать в повседневной работе. Перестановка системы в таком случае сильно упрощается. Единственно, рекомендую основные программы (типа браузеров) всё-таки ставить обычным образом.
3. Если есть желание, то можно разобраться с механизмами автоматической установки и настройки. В результате должен появится скрипт, после запуска которого на свежеустановленной винде будет готовая к работе система. Для изучения могу порекомендовать
boxstarter - эдакую обёртку над обёрткой над менеджером пакетов для винды (boxstarter -> chocolatey -> nuget). Добро пожаловать в мир powershell
