Все просто, в массив вы кладете ссылку на объект, на который так же ссылается переменная экземпляра Vue, вы меняете id у объекта перед пушем, на который ссылается только что добавленный элемент массива (старый объект). Переменная экземпляра не должна ссылаться на объекты, добавляемые в массив. А вообще, отладка кода, как я уже говорил, наше все
