Современные бест практики - это юзать poetry. У poetry возможно чуть больше порог входа чем у стандартного пипа, но с чгпт освоишь оч быстро и обратно уже вряд ли слезешь. Виртуальные окружения там хранятся по дефолту в аппдата и не засирают сами папки с проектами.
С проектами просто - создай папку dev в любом удобном для тебя месте и там храни свои наработки. Тож можно разбить по подкатегориям work\study\test\fastapi\ds\ml\ что угодно