Спустя два года нашел только что-то более менее похожее на пикер цветов, поэтому делюсь с теми, кто до сих пор ищет color picker на Wayland.
Живет на Flatpack. Разработано с иной целью, но умеет получать цвет на Wayland'е:
https://flathub.org/apps/details/org.gnome.design.... 
