Реплика = копия. Каждая тройка в Вашем примере будет содержать три копии одного и того же файла (набор копий). Каждый записываемый файл будет попадать в один из наборов копий (по хэшу пути к файлу, его имени и некоторой "соли").
Файлы при выключении серверов останутся целы, но доступ к ним может прекратиться. По-умолчанию для сохранения доступа (в т.ч. на запись) клиенту должно быть доступно не менее 50% копий файла (две в Вашем случае). То есть без прекращения доступа к файлам выключить получится не более одного сервера.