На чистом PHP уже мало кто пишет.
Воспользуйтесь любым фреймворком - например, laravel. Там структура папок уже выстроена как положено, нужно её только изучить и пользоваться, а не изобретать очередной велосипед.
В правильных фреймворках для этого используются user roles. Если вы собираетесь писать на чистом PHP - то лучше не делайте так, воспользуйтесь правильным фреймворком )