По своему опыту могу сказать, что Flash будет работать быстрее, по крайней мере пока. Но скорость работы canvas постепенно улучшается. Например, в Хроме уже очень шустро работает.
Также можно очень выиграть в производительности canas, используя WebGL там где это возможно. Вот интересная библиотека, которая реализует 2d API через 3d —
WebGL2D 
