sass здесь не при чем. Он должен скомпилировать как положено. А вот clean-css может и преобразовала правило или перенесла в другой селектор.
попробуйте без clean-css
gulp.task("scss", function () {
return gulp
.src("./css/scss/pages/*.scss")
.pipe(scss())
.pipe(gulp.dest("./css/"));
});