раз уж выключаешь для всех li, не лучше ли isActive вынести в data, то есть
data: {
isMenuItemActive: true,
//...ниже menuItems
},
mounted() {
setTimeout(() => {
this.isMenuItemActive = false;
}, 2000);
}
в template
:class="{ opacity_deactivated: isMenuItemActive }">