Можно ли каким-либо образом это побороть?
Можно, например запустив фоновый процесс, который будет работать от root'а (или юзера) при запуске дистрибутива WSL.
Например, создать скрипт с бесконечным циклом и запустить его в фоновом режиме через nohup:
#!/usr/bin/env sh
while true
do
sleep 30m
done
Вызов можно добавить в /etc/profile.d/start-background.sh или ~/.bashrc
nohup ~/.background.sh > /dev/null &
Или же это так задумано и ничего с этим нельзя сделать?
Судя по тексту блога Microsoft с презентацией systemd для WSL, так и задумано (с). После выхода из interactive shell сам WSL выключит запущенный процесс systemd через короткое время.