Ясно. Имхо главная проблема в желании иметь .git/ в продакшн проекте. Это всё равно ущербно — ни один девелопер не должен думать что это нормально делать git pull там. Вполне логично было бы держать репу у себя в /home/ а затем рсинкать её когда полностью протестировал текущую ветвь. Или настроить capifony если это частая задача.