Решение такое:
Нужно было удалить connection.end() после первого connection.query().
Соединение закрывалось и асинхронный вызов второй срабатывал после закрытия соединения.
Потому соединение нужно либо закрывать правильно (внутри connection.query) , либо не закрывать вообще если скрипт работает постоянно