Попробуйте поставить права на файл .htaccess - 444 (только чтение), включите запись логов об ошибках на сервере и посмотрите, что в логах будет написано.
Из вышеперечисленных плагинов, точно знаю, что плагины: Advanced Custom Fields, Cyr-To-Lat точно не лезут в .htaccess
