Насколько я понял у вас внутри подраздела файл меню который дублирует тот что в корне. Удалите его в подкаталоге, если такой есть.
UPD: и почему у вас один тип меню в корневом уровне и в подуровнях?
"ROOT_MENU_TYPE" => "submenu",
"MAX_LEVEL" => "2",
"CHILD_MENU_TYPE" => "submenu",
Надо разные