Вот что ответили в поддержке яндекса:
Мы рекомендуем настраивать http-код ответа 503 при кратковременной недоступности страниц. При длительной же недоступности страниц исключить вероятность их выпадения из поиска не получится, так как страницы могут участвовать в результатах поиска, только если они постоянно доступны и отвечают кодом 200 ОК.
Если на сайте будет очень большое число страниц с HTTP-кодами ответа 5XX, это будет сигнал о том, что сервер испытывает затруднения с нагрузкой, из-за чего число обращений в целом может уменьшиться. При этом доступные страницы смогут индексироваться и далее. Если потом страницы будут доступны и отвечать кодом 200 ОК, робот сможет отрегулировать число обращений повторно, и оно снова сможет увеличиться.