Только всё равно надо за несколько проходов. Так быстрее будут получены хоть какие-то данные для обработки и в случае какой-то ошибки не надо будет долго ждать, пока опять будет просмотрено все дерево каталога.
Решился полностью перейти на dropbox. Там есть решение для синхронизации любых папок (это не особо актуально) и есть решение для мобильных cloudpipes для автоматической загрузки/выгрузки файлов из папки. К тому же с всякими бонусами, у меня на бесплатном аккаунте 75Gb в dropbox.