В базе никак, т.к. предполагается, что папки будут расположены на одном сервере, т.к. есть общая папка с компонентами системы. Т.е. заливать можно только полностью репозиторий, затем с помощью композера подтягивать сам фреймворк и компоненты.
Если хочется полной независимости админки и фронтенда, то лучше сделать два проекта с шаблоном basic
