proteus, хоть он и платный
там можно и диоды подключить и много всего прочего, хоть его и ругают за не совсем достоверную эмуляцию
2313, на сколько я помню, там есть
а на линукс наверное разве что avr gdb, но тут уж вроде без диодов и прочих радостей