1) Как вариант общее облако. Каждый проект - каталог с четкой структурой (чек-лист, исходники, тз и прочее). Я так работал - не хуже чем любая навороченная система управления проектами.
2) Полное соответствие psd макетов требованиям
i-love-psd.ru . Для сеток
susy.oddbird.net - очень крутой и гибкий, но для начала изучите его, есть нюансы.
3) Иконки и изображения (.svg, .png, .jpg). Делать отдельные паки. Растр делать с оглядкой на ретину (x2 к размерам). Тоже касается UI элементов, используемых в проекте - отдельный psd с UI.
4) Срок либо называет исполнитель и вы ему верите, либо ставьте грамотных арт-директора и front-end разработчика во главу отделов (они и контролить будут и сроки ставить).
