Такое может быть, например, если в исходной БД (с которой делается бэкап) по каким-то причинам оказались неконсистентные данные (не удовлетворяющие ограничениям) - в этом случае при восстановлении бэкапа БД не сможет создать ограничение, отвалится с ошибкой, и все что после этого ограничения создается (в том числе индексы) уже не создастся. Но это в выводе команды pg_restore должно быть видно - перенаправьте вывод этой команды в файл и после завершения восстановления подробно изучите.
