Репликация в терминологии MSSQL — это повторение транзакций через прямое tcp соединиение. т.е. само определение «Репликация баз MS SQL через FTP» — это nonsense. Log Shipment через ftp — возможен, но придётся копирование настраивать вручную, что возможно. Нюансов много, но я бы не шел через SSIS.
