Нужно разбираться что значит «сильно загружают базу» — это могут быть локи, обработка данных (read + write) или большой объём на запись. У RDS есть Read Replica (http://aws.amazon.com/rds/mysql/#Read_Replica) — возможно поможет
RDS сейчас в начале развития — возможностей предоставляет не много (не доступа к бинарным логам).