хех, год прошел, а ответа так и нет.
вы сами то догадались, в чем проблема?
foreach($files as $key=>$lol){
//$array = [//это неправильно
$array[] = [ //это правильно
"response" => [
"count" => 16,
"items" => [
[
"id"=>"$lol",
"is_dir"=> "true"
],
] ]];