А Вконтакте не так себя ведёт ? Почему все замечают SPA ajax приложения где угодно но только не под носом.
На чём угодно это делается.
URL меняется через браузерное API History. Когда вы кликаете и открывается модальное окно (то что вы называете лайтбоксом) в него грузиться только часть страницы без head , которую нужно отобразить, если вы кликаете и открываете в новой вкладке то грузиться вся страница целиком со всеми скриптами и стилями но вставляется контент который должен отобразится бы в модальном окне.
Любое спа приложение должно так же работать по моему мнению.
Логика... когда вы кликаете левой кнопкой мыши то отправляете серверу ajax запрос, с каким нить кастомным header чтобы дать понять серверу что это ajax запрос и нужно вернуть только контент, который потом вставляете в модальное окно.
Когда вы открываете ссылку в новой вкладке то этот заголовок не передаётся, и сервер понимает что нужно отдать всю страницу с контентом. Как то так