Если я правильно понял вопрос, то лучший способ это все-таки сделать простейшую выгрузку с сайта для формирования заказа покупателя.
Для упрощения ввода перемещения можно сделать дополнительную фрому — в которой вываливается табличка с колонками — номенклатура, заказ, количество, остаток а кладовщику надо просто «прокрыжить» все это великолепие.
Если конкретизируете вопрос — можно подумать над подробностями. Например, как сделать удобно распределение остатка — если в наличие 10 шт. и три заказа на 5, 7 и 9 штук (если такая проблема у вас есть).