d_ilyich

fgets?

В данном конкретном случае можно "развернуть" матрицу в одномерный массив и обойтись одним циклом. Вот, набросал на скорую руку.

#define MAX_SAME 2
...
void search_matrix( int* matr, const int limit )
{
  int same_count = 0;
  int i = 0;
  int j = i + 1;

  while ( same_count < MAX_SAME && i < limit*limit - 1 ) {
    if ( matr[ i ] == matr[ j ] ) {
      same_count++;
    }

    if ( same_count < MAX_SAME ) {
      j++;
      if ( j == limit*limit ) {
        i++;
        same_count = 0;
        j = i + 1;
      }
    }
  }

  if ( same_count == MAX_SAME ) {
    cout << same_count << ' ' << i << ' ' << j;
  }
}

Да, придётся ещё индексы "вернуть" к двумерным.

P.S. Я в C++ не силён, если что - сильно не пинайте :)
P.P.S. Тут, конечно, 2 цикла. Прошу прощения, был взволнован :)