Установите wiresharksudo apt-get install tshark
Запустите её с фильтром по порту 53sudo tshark port 53
Проанализируйте лог 1 0.000000000 ВАШ_ИП_СЕРВЕРА → ИП_АДРЕС_DNS_ИЛИ_ПРОКСИ
Если ИП_АДРЕС_DNS_ИЛИ_ПРОКСИ равен адресу вашего прокси сервера - получается трафик гуляет через прокси. Если там фигурирует адрес DNS сервера - трафик идёт напрямую.