cybernoob

Подготовленные запросы с IN на сколько я помню не работают, их только по второму варианту можно сразу в строку

if (Users::registerPhoneContacts() && $aData['phone_number'] && $aData['phone_number_verified'])

заменить на

if (Users::registerPhoneContacts() && $aData['phone_number'] && $aData['phone_number_verified'] && is_array($aData['phones']))

Разместить через ФТП файл php с командой phpinfo(), открыть его через браузер, поискать раздел mysql в нём, увидите что-то типа: Client API version 5.5.52

$var = $items[0]['count(*)'];