Открытые файлы показывает конечно же lsof, а параметры ядра больше касаются дескрипторов, эти конкретные, означают:
nr_open - жесткий лимит на открытые дескрипторы, более полезен параметр file-max - мягкий лимит.
file-nr - показывает выделенные дескрипторы, неиспользуемые и максимум, соответственно. Число выделенных дескрипторов больше, т.к. ядро их выделяет динамически и не освобождает, так что их число постоянно растет.