Александр

Не читая весь код: Вы же используете FileWriter, который последовательно записывает данные в файл, каким образом идет сортировка ранее записанных значений?
Вам надо отсортировать прочитанные значения в памяти, затем все уже отсортированные записать в файл. Либо использовать RandomAccessFile, что усложнит и не без того непросто написанный код.

Самое простое решение - создать в своем проекте пакет, в котором лежит класс b и в этом пакете создать класс fakeB с сигнатурой класс b. Все это взлетит, но чтобы понять - читайте класслоадэры.

p.s. при использовании всяких девтулзов от сприннга при отладке и разработке на дев машине - может не взлететь.