Ну по идеи должна быть отдельная табличка с маршрутами и отдельная табличка с рейсами. В табличке с рейсами указывается, по какому маршруту едит что-то(пускай автобус). А в таблице с маршрутами дожны быть указаны точки на маршруте(я бы сделал таблицу типа "Точки на местности" и тогда бы в "Рейсах" было бы id рейса и id точки (многие ко многим)).
