Вопрос древний, но думаю подобные проблемы продолжают возникать у верстальщиков.
Весьма вероятно это связано с тем что у iPhone, насколько я знаю, расчет идет не в физических пикселях, а в двое меньших виртуальных. em - относительная единица, её размер формируется относительно текущего или унаследованного размера шрифта (font-size). 1em равен значению font-size. Размер font-size задается в пикселях(или в относительных величинах которые по итогу все равно отсчитываются от значения в пикселях).
Надеюсь ответ поможет кому-то, если ответ не верный, поправьте дурака)