По большому счету нет разницы, какую вы методологию используете. В договоре нужно указывать: предмет разработки, этапы, сроки, стоимость разработки, права… Все остальное не имеет отношение к договору. То есть вам подойдет любой договор на разработку ПО.
Конечно, вам никто не запрещает указать что-то в духе «во время работы над вашим проектом мы обязуемся пить кофе арабика и носить зеленые тапочки», но зачем?
Посмотрите договор Студии Лебедева, например —
www.tema.ru/jj/RIBBA-sait-2009.doc
Ну а вообще, лично мое мнение (совсем не обязательно верное), что в заказной разработке применять т.н. гибкие методологии не стоит — заказчик влетит на деньги и спрыгнет в середине проекта, т.к. такие методики не позволяют просчитать проект целиком (кто знает, что будет в следующей итерации: лента новостей или интеграция с сапой?). Я бы посоветовал в вашем случае сделать итерации (проектирование, дизайн, разработка, тестирование) — отдельными проектами (или этапами с приложениями к рамочному договору), чтобы в случае разрыва отношений никто не пострадал.
