Pavel Zamyatin

Посмотрите документацию, особенно 6 пункт: https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/enable-au...
Обратите внимание, что юзера admin вы создаете в базе admin c ролью userAdminAnyDatabase, то есть он является администратором всех баз данных на данном сервере. Ключ "--authenticationDatabase" указывает на что, что вы авторизуетесь через базу, в которой создан пользователь. Когда вы пытаетесь исполнить

mongo 127.0.0.1 --port 27017 -u "admin" --authenticationDatabase "mydb"

mongo не может найти указанного пользвателя в бд mydb.

Судя по документации на сайте, процесс должен пройти нормально при исползовании того же хранилища что и в standalone режиме: https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/convert-s...
Но честно говоря, я бы сделал mongodump предварительно, чтобы в случае чего подключиться к мастеру и сделать mongorestore.
В конце концов, можно создать пустую тестовую базу и попробовать мигрирацию на ней, прежде чем трогать продакшн. Что не отрицает необходимости сделать дамп.