Инфраструктура
* Создайте репозиторий на
Bitbucket или
GitHub.
* Создайте себе локально копию репозитория и локально поднимите базу данных с одинаковой структурой
* Если в базе требуются изменения, создавайте "миграции", которые обновят структуру данных или сами данные.
* Свои изменения по коду, так же как и миграции, отправляйте в репозиторий
Ещё есть возможность создания виртуальных серверов для разработки или использование online IDE. Решает кучу проблем, если интернет быстрый.
*
https://compilr.com/ Полноценная среда разработки
*
https://koding.com/ Среда разработки с предустановленным веб-сервером и элементами социальной сети
*
online-php.com Online IDE
*
https://codeanywhere.com/ Среда разработки. Код можно хранить в облаке, а также в Dropbox, Google Drive, FTP, github.
Другие тулзы для совместной работы в online
Промежуточные версии
Если вы географически недалеко друг от друга, то просто периодически показывайте, что у вас получается.
Если нет, пользуйтесь Skype Shared Screen, Join.me и другие аналогичные продукты, чтобы вместе смотреть и обсуждать голосом. А лучше TeamViewer, чтобы можно было вместе и посмотреть, и поправить.
Обновление сервера
Изменения на сервер устанавливайте из того-же репозитория. Не забудьте про миграции. Озаботьтесь вопросами безопасности. Хотя бы так:
скрыть файлы .git 
