Vladimir Yakimov

Стоит использовать MySQL за SSH (авторизация через ключ). И порт лишний снаружи прикроете и безопасность улучшите.

function searchAllDB($search){
    global $mysqli;

    $out = "";

    $sql = "show tables";
    $rs = $mysqli->query($sql);
    if($rs->num_rows > 0){
        while($r = $rs->fetch_array()){
            $table = $r[0];
            $out .= $table.";";
            $sql_search = "select * from ".$table." where ";
            $sql_search_fields = Array();
            $sql2 = "SHOW COLUMNS FROM ".$table;
            $rs2 = $mysqli->query($sql2);
            if($rs2->num_rows > 0){
                while($r2 = $rs2->fetch_array()){
                    $colum = $r2[0];
                    $sql_search_fields[] = $colum." like('%".$search."%')";
                }
                $rs2->close();
            }
            $sql_search .= implode(" OR ", $sql_search_fields);
            $rs3 = $mysqli->query($sql_search);
            $out .= $rs3->num_rows."\n";
            if($rs3->num_rows > 0){
                $rs3->close();
            }
        }
        $rs->close();
    }

    return $out;
}

Очень похоже на то, что скрипт упирается в память. Сколько памяти на Amazon?
Нужно в настройках php включить отдачу ошибок или запись ошибок в файл (проверить, чтобы у php были права на запись в этот файл).

Первое, что нужно сделать это перезагрузить сервер:
sudo reboot

После перезагрузки посмотреть загрузился ли mysql:
ps aux|grep mysql

Если mysql не загрузился, то смотреть в логи причину, почему не загрузился:

/var/log/mysql/error.log
/var/log/syslog
/var/log/messages
иногда /var/lib/mysql/error.log

Если mysql загрузился попробовать подключиться из консоли:
mysql -u controluser -p

Если подключение прошло успешно, выйти из консольного клиента "quit" проверить создался ли сокет в директории /var/run/mysqld/mysqld.sock

Если сокета в директории нет нужно поискать его командой:
find / -name mysql*.sock

Если сокет нашелся в директории отличной от /var/run/mysqld/mysqld.sock нужно в настройках php.ini прописать новое местоположение сокета:

pdo_mysql.default_socket=
mysql.default_socket =
mysqli.default_socket =