Собственно я сам начинающий во фласке. Прощупываю, учусь. Очень нравится.
Конечно каждый сам решает, но для себя определил следующее:
1. Оформлять приложение если это не просто блог без комментариев лучше пакетами, используя Blueprint.
2. Лучше настраивать окружение отдельно в самом проекте, проще переносить, да и для разных проектов могут понадобиться разные экстеншены.