Глеб Старков

.gitignore и отслеживаемые файлы

Создать репозиторий на уровень выше, в /home/user/makets

Последние коммиты нужно смотреть по
git log

Нужно убрать его из индекса:

git rm --cached path/to/file

Ничего не надо пушить на боевой сервер. Вы путаете процессы.
Репозиторий один. Он у вас на github. Пушите _только_ туда.
Пуллите (git pull) и в локальный для работы, и на тестовые и на боевой.

То-есть на боевом, для развертывания проекта:

git clone ....

Далее при наличии изменений в коде

git pull