А по другому никак.
Не получится просто в файле программно менять, технически наверное реально, но точно не правильно так делать потому что вам нужно каждый раз перезаписывать файл удалять его из DOM, и загружать заново чтобы изменения сохранились. + Файл же будет общим для всех. Короче подход с файлом точно следует исключить.
Пример:
https://jsfiddle.net/zjyeakc4/6/
U.P.D
Если SVG действительно большой, то можно его подключать файлом и оставить глобально и в нем к примеру добавить:
<use href="#myCircle"
А потом в нужном месте создавать еще одну свгшку, которая будет содержать этот элемент, и изменения вносить в ней. А главный svg будет подтягивать это