Сериализации я бы предпочел JSON. Время обработки у них примерно одинаковое, а вот место JSON-массивы занимают меньше на 30-40%.
А вообще, хранить массивы в БД - крайне не благодарное дело. Если это можно хоть как-то обойти - лучше сделайте это, иначе это потом выйдет дорогой ценой рефакторинга и оптимизации БД.