cmx

Сериализации я бы предпочел JSON. Время обработки у них примерно одинаковое, а вот место JSON-массивы занимают меньше на 30-40%.

А вообще, хранить массивы в БД - крайне не благодарное дело. Если это можно хоть как-то обойти - лучше сделайте это, иначе это потом выйдет дорогой ценой рефакторинга и оптимизации БД.

Возможно есть смысл переделать колонку в int с параметром ZEROFILL для автоматического заполнения нулями.
Если принципиально с varchar и у вас действительно varchar и передаете вы string, то многовероятно, что имеет место конвертация в int, и скорее всего где-то в модельное слое.