cicatrix

Лучше по cron пусть запускается хранимая процедура в базе.
Веб сервер запускает ваше приложение только по требованию (когда клиент к нему обращается). Периодически (по умолчанию раз в 20 минут) ваше приложение будет перезапускаться.
Где гарантия, что ваш код не будет выполнен дважды? Может и не страшно, но кто знает, что в этот код будет добавлено потом?
Любые сервисные операции необходимо выполнять вне контекста веб-приложения. Веб приложение должно обслуживать клиентские запросы, не более.

Вы вообще почитайте про время жизни процесса в asp.net. Дело в том, что полагаться на исполнение каких-либо фоновых задач в приложении, которое IIS может в любой момент перезапустить, я бы не стал. Если вам необходимо серверное приложение, выполняющееся независимо от веб-морды, лучше писать его как отдельное приложение и размещать на сервере отдельной задачей.