В большинстве случаев да, можно. Но это не значит что однозначно удастся избежать танцев с бубном.
Например в Windows, в отличии от Linux, имена файлов не чувствительны к регистру - могут быть неожиданные сюрпризы. Ярлыки в Windows - это не тоже самое что ссылки в Linux, ярлыки, бывает, нужно создавать вручную. Права доступа в Win отличаются от прав в Lin, а это иногда важно. Разделитель каталогов используется разный - это порой создает путаницу и требует экранизации в самых неожиданных местах.
Описанное выше справедливо в первую очередь при монтировании папок с хост-машины, а это имеет место почти всегда.