Если хочется прямо вывод в директорию на хосте, то выводите логи контейнеров в syslog и крутите хостовым logrotate, но потеряете возможность просмотра из Portainer.
Если хочется оставить возможность смотреть в браузере - ротация логов
поддерживается Docker из коробки, файлы лежат в
/path/to/docker/containers/container_id/container_id.json(\.\d+)?$