Вот что я сделал и все заработало потратив несколько часов на прочтение документации.
sudo -i
cd /var/lib/mysql/
Далее смотрим что в директории:
sudo -i
ls -a
И удаляем:
sudo rm /var/lib/mysql/ib_logfile0
sudo rm /var/lib/mysql/ib_logfile1
В конце перегружаем vagrant
vagrant reload --provision
Удалось восстановить все без потерь.
