В работе использую sass, стили каждого блока выношу в отдельный файл, где сначала описывается основные стили блока, а ниже media queries. Как писали выше, удобней в одном месте смотреть и редактировать поведение блока.
Касаемо процесса верстки, у всех он разный, некоторые накидывают html на всю страницу, а потом занимаются чисто css для него. Я практикую такой подход, верстаю от блока к блоку. Например начинаю с шапки, накидал html и сразу же все css и media для нее, протестировал везде, проверил, все шик, перешел к следующему блоку. С таким подходом, вам не мешают другие не отстиленные блоки, вы работаете только с одной частью страницы и концентрируетесь только для работы с ней. В добавок вы сразу протестили на всех разрешениях и больше к этому блоку не возвращаетесь.