Самые тру админы делают Full Backup + ежедневные бекапы на ленты.
SVN изначально не очень правильное рещение для подобных вещей. Как костыль — сделайте папку, в которой симлинками накидайте нужные конфиги.
Саму папку загоните в SVN
А вы не пробовали на тематических ресурсах типа weblancer.net поискать?
Использую для подобного рода нерегулярных задач несколько фрилансеров — очень доволен.