Дмитрий Денисов (из техподдержки):
Вы скорее всего смотрите реальный размер файлов:
du -sh --apparent-size /var/www/vh58712/data
313M /var/www/vh58712/data
Панель же считает место занимаемое на диске:
382M /var/www/vh58712/data
Главная причина - размер кластера. В кластер можно записать только один файл. Если размер кластера 4096 байт, то помещённый в него файл размером, скажем, 100 байт будет занимать 4096 байт.